EN BREF
Un arrêt maladie longue durée génère des obligations précises pour l’employeur : maintien partiel du salaire, subrogation, prévoyance, visite de reprise obligatoire. Voici ce que vous devez savoir pour gérer une absence prolongée dans les règles.
- Seuils légaux qui définissent la « longue durée » selon les référentiels
- Maintien de salaire, subrogation et prévoyance complémentaire
- Visite de reprise selon le motif, la durée de l’arrêt et les règles en vigueur
- Risques d’inaptitude et procédure à anticiper
Un salarié en arrêt maladie longue durée représente une situation particulièrement délicate pour les équipes RH : obligations légales multiples, gestion des remplacements, maintien du lien avec le salarié absent, et anticipation du retour. Mal gérée, cette situation peut exposer l’entreprise à des contentieux prud’homaux et à des coûts supplémentaires significatifs.
Cette page détaille l’ensemble des obligations de l’employeur lors d’une absence maladie prolongée, depuis le premier jour d’arrêt jusqu’à la reprise ou la rupture du contrat, avec les points de vigilance à chaque étape.
Elle répond en particulier aux questions de maintien de salaire en arrêt maladie : conditions d’ancienneté, délai de carence, durées et pourcentages selon l’ancienneté, articulation avec les IJSS et la subrogation.
Qu’est-ce qu’un arrêt maladie longue durée ?
Il n’existe pas de définition légale unique de l' »arrêt maladie longue durée ». Selon les référentiels utilisés, les seuils varient :
- Sécurité sociale : une affection de longue durée (ALD) est reconnue pour les maladies graves nécessitant des soins prolongés. 30 ALD sont listées par décret (cancer, diabète, maladies cardiovasculaires, troubles psychiatriques sévères, etc.)
- Prévoyance collective : les délais de déclenchement des prestations varient selon le contrat collectif ; vérifiez sa notice et la convention applicable
- Droit du travail : la visite de reprise dépend du motif : maladie ou accident non professionnel d’au moins 60 jours, accident du travail d’au moins 30 jours, maladie professionnelle quelle que soit sa durée, ou congé de maternité. Une dispense encadrée existe depuis le 15 juin 2026
En pratique, tout arrêt dépassant 30 jours mérite une attention particulière de la part de l’employeur, tant sur le plan administratif que sur le plan humain.
Impact sur le contrat de travail
Durant un arrêt maladie, le contrat de travail est suspendu, mais il n’est pas rompu. Le salarié conserve son ancienneté, ses droits à congés payés (acquis normalement depuis la loi DDADUE du 22 avril 2024) et ses droits aux avantages conventionnels en vigueur dans l’entreprise.
L’employeur ne peut pas licencier un salarié en raison de sa maladie. En revanche, il peut licencier pour perturbation du fonctionnement de l’entreprise nécessitant un remplacement définitif, sous conditions jurisprudentielles strictes (le remplacement doit être effectif et définitif). Ces situations restent rares et risquées si elles ne sont pas parfaitement documentées.
La suspension du contrat ne dispense pas l’employeur de ses obligations légales, qui continuent de courir pendant toute la durée de l’absence.
Maintien de salaire : règles et durées
L’obligation de maintien de salaire pendant un arrêt maladie repose sur deux fondements cumulatifs : les dispositions légales (article L1226-1 du Code du travail) et les dispositions conventionnelles (souvent plus favorables).
Régime légal (dispositif de base) : Après 1 an d’ancienneté, l’employeur verse un complément aux indemnités journalières de la Sécurité sociale pour maintenir :
- 90 % de la rémunération brute pendant les 30 premiers jours d’arrêt
- 66 % de la rémunération brute pendant les 30 jours suivants
Ces durées augmentent de 10 jours par tranche de 5 ans d’ancienneté supplémentaire. Pour un salarié de 15 ans d’ancienneté (tranche 11 à 15 ans), le maintien à 90 % s’applique 50 jours, puis 66 % pendant 50 jours.
La subrogation du salaire permet à l’employeur de percevoir directement les IJSS de la Sécurité sociale en lieu et place du salarié, simplifiant la gestion administrative.
Maintien de salaire en arrêt maladie : ce que doit l’employeur
Le maintien de salaire en arrêt maladie repose sur l’article L1226-1 du Code du travail. Trois conditions ouvrent le droit à l’indemnité complémentaire versée par l’employeur, en plus des indemnités journalières de la Sécurité sociale (IJSS) : une ancienneté d’au moins un an dans l’entreprise, un arrêt justifié par un certificat médical, et une prise en charge par la Sécurité sociale.
L’indemnité complémentaire ne démarre pas dès le premier jour. Un délai de carence de 7 jours s’applique pour une maladie ordinaire ou un accident non professionnel (article D1226-3). Ce délai de carence disparaît pour un accident du travail ou une maladie professionnelle : l’indemnisation complémentaire commence alors dès le 1er jour d’arrêt.
| Ancienneté | Jours à 90 % | Jours à 66,67 % (2/3) |
|---|---|---|
| 1 à 5 ans | 30 jours | 30 jours |
| 6 à 10 ans | 40 jours | 40 jours |
| 11 à 15 ans | 50 jours | 50 jours |
| 16 à 20 ans | 60 jours | 60 jours |
| 21 à 25 ans | 70 jours | 70 jours |
| 26 à 30 ans | 80 jours | 80 jours |
| 31 ans et plus | 90 jours | 90 jours |
Cette indemnité complémentaire vient en déduction des IJSS versées par la CPAM et, le cas échéant, des prestations d’un régime de prévoyance (article D1226-5) : elle ne s’ajoute pas intégralement aux IJSS, elle complète la rémunération jusqu’au pourcentage indiqué dans le tableau. En pratique, la plupart des employeurs optent pour la subrogation, présentée ci-dessous, qui simplifie le règlement en leur reversant directement les IJSS.
Ce régime légal est un plancher. La convention collective applicable à l’entreprise, ou un accord d’entreprise, peut prévoir des conditions plus favorables au salarié : ancienneté requise inférieure à un an, délai de carence réduit ou supprimé, pourcentages plus élevés, durées d’indemnisation plus longues. C’est alors la disposition la plus favorable au salarié qui s’applique, clause par clause : vérifiez systématiquement la convention collective applicable avant tout calcul.
Ce complément employeur peut être suspendu en cas de contre-visite médicale patronale défavorable, sur SantExpertise : contre-visite médicale patronale et suspension du maintien de salaire (les IJSS de la Sécurité sociale restent, elles, dues par la CPAM).
Subrogation et prévoyance : articulation pratique
En cas de subrogation, l’employeur maintient le salaire net habituel du salarié et se fait rembourser les IJSS directement par la CPAM. Cette pratique, possible uniquement si la convention collective ou l’accord d’entreprise le prévoit (ou avec l’accord du salarié), simplifie considérablement la gestion des absences longues.
Au-delà du délai légal de maintien, la prévoyance collective prend le relais. Tout employeur est tenu d’assurer ses salariés non-cadres contre les risques incapacité, invalidité et décès. Pour les cadres, l’obligation est étendue. Le déclenchement des garanties prévoyance intervient généralement après 90 jours d’arrêt continu, vérifier les conditions dans votre contrat de prévoyance.
Gestion RH pendant l’absence prolongée
Au-delà des obligations financières, la gestion d’une absence longue nécessite une approche RH proactive sur plusieurs dimensions :
| Dimension | Action recommandée | Timing |
|---|---|---|
| Maintien du lien | Contact régulier (mensuel), sans pression sur le retour | Dès J+30 |
| Visite de pré-reprise | Solliciter le médecin du travail avant la reprise effective | 1-2 mois avant le retour prévu |
| Organisation du remplacement | CDD de remplacement, redistribution de charge | Dès J+30 |
| Suivi administratif | Vérifier les versements IJSS, alertes prévoyance | Mensuel |
| Anticipation du retour | Plan de réintégration, aménagement de poste éventuel | J-30 avant le retour |
Visite de reprise et risque d’inaptitude
Après un arrêt pour maladie ou accident non professionnel d’au moins 60 jours, accident du travail d’au moins 30 jours, maladie professionnelle quelle que soit sa durée ou congé de maternité, l’employeur sollicite en principe une visite de reprise auprès du service de prévention et de santé au travail. Elle doit se tenir dans les 8 jours calendaires de la reprise. Pour les arrêts prescrits depuis le 15 juin 2026, elle peut être dispensée si une visite de préreprise a eu lieu dans les 30 jours précédant la reprise et que le médecin du travail n’a préconisé aucun aménagement ; salarié, employeur ou médecin du travail peuvent néanmoins la demander. Source : Service Public, vérifié le 31 août 2026.
Cette visite peut aboutir à plusieurs conclusions du médecin du travail : aptitude sans réserve, aptitude avec restrictions (aménagement de poste), ou inaptitude. En cas d’inaptitude, s’ouvre alors la procédure de reclassement professionnel avec ses obligations spécifiques.
La visite de pré-reprise (avant la reprise effective) est un outil précieux souvent sous-utilisé. Elle peut être demandée notamment par le salarié, le médecin traitant, le médecin conseil ou le médecin du travail après plus de 30 jours d’arrêt. Elle aide à préparer des aménagements éventuels, sans imposer au salarié une reprise anticipée.
Point de vigilance : Lorsque la visite de reprise est requise, l’employeur doit la solliciter auprès du service de prévention et de santé au travail. Vérifiez d’abord si les conditions de dispense introduites en 2026 sont réunies et conservez la trace de l’organisation retenue.
Préparer le retour après un arrêt maladie longue durée
Un arrêt prolongé ne se résume pas au maintien de salaire. Dès qu’un retour est envisagé, l’employeur peut informer le salarié de la possibilité d’un rendez-vous de liaison et préparer l’organisation du travail sans solliciter de données médicales. Une visite de préreprise peut être demandée après plus de 30 jours d’arrêt par les personnes habilitées. Le service de prévention et de santé au travail peut proposer des aménagements du poste ou du temps de travail.
Avant la reprise, vérifiez le motif et la durée de l’arrêt, les préconisations éventuellement transmises et la nécessité d’une visite de reprise. Pour les arrêts prescrits depuis le 15 juin 2026, appliquez les conditions exactes de dispense de cette visite. Documentez les aménagements décidés et réévaluez les risques de la situation de travail si nécessaire, sans conclure sur l’état de santé du salarié. Source : Service Public, visite de préreprise et de reprise, 31 août 2026.
Pour aller plus loin
- Complément de salaire arrêt maladie : règles et calcul
- Visite de reprise : obligations et déroulement
- Subrogation salaire arrêt maladie
- Contre-visite médicale employeur, sur SantExpertise
FAQ, Arrêt maladie longue durée
À partir de combien de jours un arrêt maladie est-il considéré comme « longue durée » ?
Il n’existe pas de seuil légal unique de « longue durée ». La visite de reprise dépend du motif : maladie non professionnelle d’au moins 60 jours, accident du travail d’au moins 30 jours, maladie professionnelle quelle que soit sa durée et congé de maternité. Les délais de prévoyance dépendent du contrat collectif. Vérifiez aussi la dispense possible pour certains arrêts prescrits depuis le 15 juin 2026.
L’employeur peut-il contacter le salarié pendant son arrêt longue durée ?
Oui, à condition de ne pas créer de pression sur le retour ou d’interférer avec le repos prescrit. Un contact régulier, bienveillant et limité aux aspects administratifs ou humains est non seulement autorisé mais recommandé. Il permet de maintenir le lien, de préparer la reprise et de détecter les situations qui nécessitent une intervention (visite pré-reprise, aménagement de poste).
Les congés payés s’acquièrent-ils pendant un arrêt maladie longue durée ?
Oui, depuis la loi DDADUE du 22 avril 2024 (transposant la directive européenne), les congés payés s’acquièrent pendant toute la durée d’un arrêt maladie ordinaire, y compris les longues durées. Le salarié peut également reporter ses congés acquis pendant l’arrêt sur une période de 15 mois après son retour. C’est une évolution majeure du droit du travail français.
Peut-on organiser une contre-visite médicale pendant un arrêt longue durée ?
Oui. La contre-visite médicale patronale est un droit de l’employeur qui peut être exercé à tout moment pendant l’arrêt de travail, quelle que soit sa durée. Elle est diligentée par un médecin mandaté par l’employeur et vise à vérifier la réalité et le bien-fondé de l’arrêt. En cas de conclusion défavorable, le complément de salaire peut être suspendu, mais les IJSS de la Sécurité sociale restent dues par la CPAM.
Quel est le délai de carence avant le maintien de salaire légal en arrêt maladie ?
Sept jours pour une maladie ordinaire ou un accident non professionnel (article D1226-3 du Code du travail) : le maintien légal démarre au 8e jour d’arrêt. Ce délai de carence est supprimé pour un accident du travail ou une maladie professionnelle, l’indemnisation complémentaire commence alors dès le premier jour.
La convention collective peut-elle prévoir un maintien de salaire plus favorable que la loi ?
Oui. Le régime de l’article L1226-1 est un plancher légal. Une convention collective ou un accord d’entreprise peut réduire ou supprimer la condition d’ancienneté, réduire ou supprimer le délai de carence, augmenter les pourcentages ou allonger les durées d’indemnisation. C’est alors la disposition la plus favorable au salarié qui s’applique : il faut vérifier la convention collective applicable à l’entreprise avant tout calcul.
Une visite de reprise reste-t-elle obligatoire après une préreprise en 2026 ?
Pour les arrêts prescrits depuis le 15 juin 2026, elle peut ne pas être requise si la préreprise a eu lieu dans les 30 jours précédant le retour et si le médecin du travail n’a préconisé aucun aménagement. Le salarié, l’employeur ou le médecin du travail peut toutefois demander la visite de reprise.
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