Un salarié absent en arrêt maladie coûte en réalité bien plus à l’employeur que le seul maintien de salaire. Selon le Baromètre Malakoff Humanis 2024, le coût complet d’un arrêt maladie représente en moyenne 3 500 € par salarié et par an dans une PME française. Voici comment se décompose ce coût — et comment l’anticiper.
1. Les coûts directs : ce que l’employeur paie en premier
Le maintien de salaire et le délai de carence
Contrairement à une idée reçue, la Sécurité sociale n’indemnise pas l’arrêt dès le 1er jour. Le délai de carence est de 3 jours pour le salarié, mais de nombreuses conventions collectives suppriment ce délai à la charge de l’employeur. En pratique :
- Indemnités journalières (IJSS) versées par l’Assurance Maladie à partir du 4e jour, puis récupérées via la subrogation si l’employeur la met en place ;
- Complément de salaire conventionnel : la majorité des conventions collectives (Syntec, Bâtiment, Métallurgie…) imposent un maintien total de 30 à 90 jours selon l’ancienneté ;
- Cotisations patronales maintenues sur la part complémentaire versée par l’employeur.
Exemple chiffré : Pour un salarié avec un salaire brut de 2 500 €/mois, le coût mensuel pour l’employeur (salaire brut + charges patronales ~42%) dépasse 3 500 €. En arrêt 30 jours, après déduction des IJSS subrogées (~53 €/jour), le coût net peut osciller entre 1 200 et 2 200 € selon la convention collective applicable.
Les cotisations qui continuent de courir
Même en arrêt, certaines cotisations restent dues par l’employeur sur le maintien de salaire versé :
- Cotisations retraite complémentaire (AGIRC-ARRCO) ;
- Prévoyance collective (si convention collective ou accord d’entreprise) ;
- Complémentaire santé obligatoire ;
- Cotisations URSSAF sur la partie du salaire maintenue par l’employeur.
2. Les coûts indirects : l’iceberg caché
Selon l’INRS et l’ANACT, les coûts indirects d’un arrêt maladie représentent 2 à 5 fois les coûts directs. Ils sont souvent invisibles dans la comptabilité, mais bien réels.
| Type de coût indirect | Exemples concrets | Estimation |
|---|---|---|
| Réorganisation interne | Redistribution des tâches, heures supplémentaires des collègues | 50 à 200 €/jour d’absence |
| Recours à l’intérim | Agence de travail temporaire, formation rapide du remplaçant | 30 à 50% plus cher que le salarié absent |
| Perte de productivité | Ralentissement, délais, erreurs, projets décalés | 20 à 40% de perte sur le poste |
| Impact RH | Tension dans l’équipe, démotivation, risque d’effet cascade | Variable selon la taille de l’équipe |
| Coût de retour | Entretien de retour obligatoire à partir de 30 jours, visite médicale | 2 à 4h de temps managérial |
3. Chiffres de référence 2026
- Malakoff Humanis (Baromètre Absentéisme 2024) : coût complet moyen de 3 500 €/salarié/an dans les PME (direct + indirect) ;
- DARES (2023) : 4,14 % de taux d’absentéisme moyen tous secteurs confondus ;
- ANACT (2024) : 25,6 jours d’arrêt maladie en moyenne par salarié arrêté en France ;
- Assurance Maladie (Ameli.fr, 2024) : 15,5 milliards d’euros de dépenses en indemnités journalières versées (+8% vs 2022).
Point de vigilance : Le coût par arrêt explose avec la durée. Les arrêts courts (moins de 8 jours) représentent 54% des arrêts mais seulement 6% du coût total. Ce sont les arrêts longue durée (+90 jours) qui pèsent le plus dans la masse salariale.
4. Comment calculer l’impact sur la masse salariale ?
Méthode 1 : Coût direct brut
Coût direct = (Salaire brut chargé / Nombre de jours travaillés) x Nombre de jours d’arrêt x (1 – taux de récupération IJSS). En l’absence de subrogation, l’employeur avance et doit récupérer les IJSS manuellement auprès de la CPAM — coût administratif supplémentaire.
Méthode 2 : Coût global (direct + indirect)
La méthode ANACT recommande d’appliquer un coefficient multiplicateur de 2 à 3 sur le coût direct pour obtenir une estimation du coût réel incluant les coûts indirects (réorganisation, perte de productivité, impact RH).
5. Comment limiter le coût des arrêts maladie ?
- Mettre à jour le DUERP pour identifier et réduire les risques à la source ;
- Mettre en place la subrogation pour simplifier la gestion et éviter les avances de trésorerie ;
- Former les managers à la détection précoce des signaux faibles (RPS, TMS) ;
- Organiser des entretiens de retour systématiques dès le 1er jour d’absence (obligatoire à partir de 30 jours depuis la loi Santé au Travail 2021) ;
- Solliciter un audit SSCT pour cartographier les postes à risque.
Questions fréquentes sur le coût d’un arrêt maladie pour l’employeur
L’employeur paie-t-il le salarié pendant l’arrêt maladie ?
Oui, dans la plupart des cas, via le maintien de salaire conventionnel. La part versée directement par l’Assurance Maladie (IJSS) est perçue par l’employeur si la subrogation est mise en place. Le reste — la part complémentaire — reste à la charge de l’entreprise, selon les conditions de la convention collective applicable.
Quelles cotisations l’employeur continue-t-il de payer en cas d’arrêt maladie ?
L’employeur continue de cotiser sur la part de salaire qu’il maintient : cotisations URSSAF, retraite complémentaire (AGIRC-ARRCO), prévoyance et complémentaire santé. En revanche, les cotisations sur la fraction de salaire remplacée par les IJSS cessent. Consultez votre URSSAF pour le détail selon votre régime.
Quel est le coût moyen d’un arrêt maladie pour une PME ?
Selon le Baromètre Malakoff Humanis 2024, le coût complet moyen (directs + indirects) est estimé à 3 500 € par salarié et par an dans les PME. Cette estimation intègre le maintien de salaire, les coûts de remplacement et la perte de productivité. Ce chiffre varie fortement selon le secteur, l’ancienneté des salariés et la durée des arrêts.
L’employeur peut-il faire contrôler un salarié en arrêt maladie ?
Oui. L’employeur peut solliciter une contre-visite médicale patronale, réalisée par un médecin mandaté par l’employeur, pour vérifier le bien-fondé médical de l’arrêt. Cette démarche est légale, encadrée, et peut entraîner la suspension du maintien de salaire si l’arrêt est jugé injustifié — sans affecter les IJSS versées par la CPAM.
Comment réduire concrètement le coût des arrêts maladie dans mon entreprise ?
Les leviers les plus efficaces selon l’ANACT : (1) Mettre à jour le DUERP et agir sur les risques professionnels identifiés, (2) Former les managers à la prévention des RPS et TMS, (3) Mettre en place des entretiens de retour systématiques, (4) Analyser les causes des arrêts récurrents via les statistiques de la Médecine du Travail, (5) Déployer un plan de prévention structuré.
Sources : INRS ; ANACT — Méthode d’évaluation des coûts de l’absentéisme ; Malakoff Humanis — Baromètre absentéisme 2024 ; DARES — Synthèse absentéisme 2023 ; Ameli.fr/entreprise.