En bref :
La subrogation permet à l’employeur de percevoir directement les indemnités journalières de la Sécurité sociale à la place du salarié en arrêt maladie, tout en maintenant son salaire. Obligatoire dans certaines conventions collectives, facultative dans d’autres, elle simplifie la gestion administrative et réduit le coût net du maintien de salaire pour l’entreprise.
Définition : qu’est-ce que la subrogation ?
La subrogation de l’employeur est un mécanisme juridique prévu par l’article L.323-1 du Code de la Sécurité sociale. Elle permet à l’employeur qui maintient tout ou partie du salaire d’un salarié en arrêt maladie de percevoir directement les indemnités journalières de maladie (IJM) versées par la CPAM, en lieu et place du salarié.
En pratique, cela signifie que le salarié continue de percevoir sa rémunération habituelle de la part de l’employeur, et que c’est l’employeur — et non le salarié — qui reçoit le remboursement de la Sécurité sociale. Ce mécanisme de substitution de créancier simplifie considérablement la gestion administrative des absences.
Conditions requises pour bénéficier de la subrogation
La subrogation n’est pas automatique. Elle est soumise à trois conditions cumulatives prévues par la réglementation :
3 conditions cumulatives
1. Maintien de salaire au moins égal aux IJSS
L’employeur doit maintenir une rémunération au moins égale au montant des indemnités journalières de Sécurité sociale auxquelles le salarié aurait droit. Si le maintien est partiel et inférieur aux IJSS, la subrogation n’est pas possible.
2. Accord du salarié (ou obligation conventionnelle)
La subrogation nécessite l’accord exprès du salarié, sauf lorsqu’une convention collective de branche la rend obligatoire. Dans ce cas, l’accord individuel n’est pas requis. Il est recommandé de l’intégrer dans le contrat de travail ou le règlement intérieur.
3. Déclaration préalable à la CPAM
L’employeur doit déclarer sa subrogation à la CPAM via la DSN (Déclaration Sociale Nominative) ou le formulaire Cerfa spécifique. Sans cette déclaration, les IJSS restent versées directement au salarié.
Subrogation obligatoire ou facultative selon la convention collective
Certaines conventions collectives de branche imposent la subrogation à l’employeur dès lors qu’il maintient le salaire. C’est notamment le cas dans le secteur du bâtiment, du commerce et plusieurs branches industrielles. Dans ces cas, l’employeur n’a pas le choix : il doit déclarer la subrogation à la CPAM dès l’arrêt du salarié.
En l’absence de disposition conventionnelle obligatoire, la subrogation reste facultative. L’employeur peut choisir de ne pas y recourir, auquel cas le salarié perçoit lui-même ses IJSS et l’employeur verse un complément de salaire correspondant à la différence entre les IJSS et le salaire maintenu.
Avantages de la subrogation pour l’employeur
Le recours à la subrogation présente plusieurs avantages concrets pour la gestion RH et la trésorerie de l’entreprise :
- Simplification administrative : un seul flux de paie, sans avoir à suivre si le salarié a bien transmis ses IJSS à l’entreprise
- Maîtrise de la trésorerie : l’entreprise avance le salaire mais est remboursée directement par la CPAM, souvent dans un délai de 15 à 30 jours
- Réduction du coût net : le montant des IJSS vient en déduction du coût de l’arrêt pour l’employeur
- Traçabilité : les droits et remboursements sont directement visibles dans la DSN et le bulletin de paie
Montant des indemnités journalières récupérées par l’employeur
Les indemnités journalières maladie versées par la CPAM correspondent à 50 % du salaire journalier de base du salarié, plafonné à 1,8 fois le SMIC (soit environ 50,58 € bruts par jour en 2026 pour un salarié au plafond). Pour les arrêts de longue durée (au-delà de 30 jours), ce taux peut monter à 66,66 % sous conditions.
Point de vigilance : les IJSS sont soumises à la CSG et CRDS. Le net versé au salarié en subrogation doit tenir compte de ces prélèvements. Le bulletin de paie doit faire apparaître clairement les IJSS subrogées et les cotisations correspondantes. Consultez notre page sur le complément de salaire en cas d’arrêt maladie pour les calculs détaillés.
Délai de carence et subrogation
Le délai de carence légal est de 3 jours pour les arrêts maladie ordinaires : la CPAM ne verse pas d’IJSS pour les 3 premiers jours d’arrêt. Certaines conventions collectives suppriment ce délai de carence, l’employeur devant alors maintenir le salaire dès le 1er jour sans subrogation possible sur ces 3 jours.
La visite de reprise après un arrêt long doit être organisée sans attendre, quel que soit le mécanisme de subrogation en place.
Pour aller plus loin
Questions fréquentes sur la subrogation
La subrogation est-elle obligatoire pour tous les employeurs ?
Non. La subrogation est facultative sauf disposition conventionnelle contraire. Certaines conventions collectives imposent à l’employeur de se substituer au salarié pour percevoir les IJSS dès lors qu’il maintient le salaire. En dehors de ces cas, l’employeur choisit librement.
Comment déclarer la subrogation à la CPAM ?
La subrogation se déclare via la DSN (Déclaration Sociale Nominative) en renseignant le bloc « Subrogation » dans l’arrêt de travail du salarié. L’employeur peut également utiliser le formulaire S3201 (attestation de salaire) en cochant la case subrogation. La CPAM versera ensuite les IJSS directement sur le compte bancaire de l’entreprise.
Que se passe-t-il si les IJSS sont inférieures au salaire maintenu ?
L’employeur perçoit les IJSS en subrogation et verse la différence de sa propre trésorerie. Le coût net pour l’entreprise est donc : maintien de salaire − IJSS récupérées. Cette différence est la charge réelle liée à l’arrêt maladie, qui peut être partiellement couverte par une prévoyance collective.
La subrogation s’applique-t-elle aux accidents du travail ?
Oui. Le mécanisme de subrogation fonctionne de la même manière pour les arrêts liés à un accident du travail ou une maladie professionnelle. Les IJSS AT/MP sont calculées à un taux différent (60 % pendant les 28 premiers jours, 80 % ensuite) et versées par la CPAM à l’employeur en cas de subrogation.
Le salarié peut-il refuser la subrogation ?
Lorsque la subrogation n’est pas imposée par la convention collective, le salarié peut refuser d’y consentir. Dans ce cas, la CPAM verse les IJSS directement au salarié, et l’employeur verse un complément de salaire sur la base du net maintenu contractuellement. Ce refus ne peut faire l’objet d’aucune sanction.